Jean Baubérot est issu d'une famille d'enseignants protestants du Limousin. Après ses études secondaires au lycée de Limoges où il est né en 1941, il va à Paris étudier l'histoire à la Sorbonne. Docteur en lettres, il entre en 1967 à l'EPHE, d'abord comme collaborateur technique, puis comme assistant de recherche en 1971, directeur d'études en 1978, titulaire de la chaire d'histoire et sociologie du protestantisme. Il fonde en 1991 la chaire d'histoire et sociologie de la laïcité unique au monde et en 1995 le groupe de sociologie des religions et de la laïcité. Il est aujourd'hui président d'honneur de l'EPHE. Il a été conseiller de Ségolène Royal, alors ministre déléguée à l'enseignement scolaire et a appartenu à la commission Stasi dont les travaux ont abouti à l'interdiction des signes religieux à l'école. Il est aussi co-auteur de la Déclaration internationale de la laïcité, signée par plusieurs centaines d'universitaires d'une trentaine de pays. Il a écrit plus de 20 ouvrages, sur l'histoire du protestantisme, Histoire du protestantisme publié aux PUF en 1998 et Une haine oubliée consacré aux difficiles rapports entre catholicisme et protestantisme entre 1870 et 1905, et sur la laïcité, tels La laïcité à l'épreuve ou Vers un nouveau pacte laïque.