Thomas Römer a effectué ses études de théologie dans les universités les plus anciennes et les plus prestigieuses d'Allemagne, Heidelberg et Tübingen, ainsi qu'à la faculté de théologie protestante de Paris où, très tôt bibliste et exégète reconnu, il commence à enseigner l'hébreu biblique en 1982. Parallèlement il est pasteur stagiaire à Nancy, assistant à l'université de Genève et écrit sa thèse, soutenue en 1988, sur les Patriarches du Deutéronome. Il est titularisé comme maitre d'enseignement et de recherche à l'université de Genève l'année suivante. Il y enseigne les langues bibliques, hébreu et ougaritique, une langue très proche, parlée dans la cité mésopotamienne d'Ougarit, important centre d'échanges avec les hébreux, dont la connaissance permet de mieux comprendre la genèse des textes de l'Ancien Testament : on peut désormais grâce au travail de Römer les dater plus précisément et comprendre leur contexte. Naturalisé suisse, Römer est devenu en 1993 professeur d'Ancien Testament à la faculté de théologie de Lausanne dont il occupe le poste de doyen plusieurs années. Il est également professeur invité à Paris, Montpellier, Zürich et même en Amérique centrale, à Mexico et à Managua. Il est depuis 2007 titulaire de la chaire Milieux bibliques au Collège de France.