Jean Flori est un disciple du grand médiéviste Georges Duby. Il n'est donc pas très étonnant qu'il ait consacré sa thèse à la chevalerie. Il s'est également intéressé à la notion de guerre sainte et de croisade. Il a publié plus d'une vingtaine d'ouvrages sur ces deux sujets, auxquels il a ajouté plusieurs biographies.
Jean Flori a consacré sa thèse, passée sous la direction de Georges Duby, à la chevalerie, domaine que Duby avait étudié avant lui et dans lequel il avait montré la voie. Outre un volume dans la collection Que sais-je, ce spécialiste des Xè et XIè siècles, qui a fait l'essentiel de sa carrière au Centre d'études supérieures de civilisation médiévale de Poitiers, une dépendance du CNRS, a exploré l'univers de la chevalerie à la lumière des idéologies guerrières, bien souvent liées à la religion. Ainsi de L'idéologie du glaive, de L'essor de la chevalerie et de Chevalerie et chevaliers au Moyen Age est-il passé à La croisade et la chevalerie. Il a alors étudié le concept de La guerre sainte, Guerre sainte, djihad, croisade, Les croisades et les évènements eux-mêmes, Prêcher la croisade, Pierre L'Ermite et la première croisade, La première croisade. Il a également écrit plusieurs biographies, Philippe Auguste vainqueur à Bouvines, Bohémond d'Antioche, chevalier d'aventure et deux Plantagenêt, Aliénor d'Aquitaine, reine de France puis d'Angleterre et son fils Richard Coeur de Lion fait prisonnier à la croisade. Il s'est aussi intéressé à l'eschatologie, une interrogation terrifiante pour l'homme du Moyen Age, il n'est que de se rappeler la grande terreur de l'an 1000 : La fin du monde au Moyen Age.