Louis Pernot occupe une place à part dans l'Eglise réformée de France. Ingénieur de formation, il est pasteur d'un des paroisses protestantes les plus importantes de Paris, mais également luthiste, et mène une carrière quasi professionnelle avec concerts, conférences et enregistrements.
Louis Pernot a un parcours assez atypique pour un homme d'église. Brillant élève, il mène de front le lycée et la Musique. Il commence la guitare tout jeune et à 13 ans découvre le luth pour lequel il se passionne tout de suite, au point de complètement abandonner la guitare à son profit. Parallèlement, il suit les classes préparatoires scientifiques et réussit le concours d'entrée de l'Ecole centrale de Paris. Son diplôme d'ingénieur en poche, il commence un parcours de philosophie et d'histoire à la Sorbonne, qui le mènera au doctorat de philo et au DEA d'histoire moderne, et de théologie dans les facultés protestantes de Paris, Strasbourg et Montpellier. Il prend en charge sa première paroisse en 1988, à Evreux, puis en 91 devient pasteur du Temple de l'Etoile à Paris. Il est également l'aumônier protestant de l'Ecole polytechnique. Il poursuit parallèlement son activité musicale, s'affirme comme l'un des meilleurs luthistes français, concerts, enregistrements, et organise une saison musicale dans son église. Chacun reconnaît en lui un grand prédicateur dont l'oeuvre théologique est importante et audacieuse. Il est d'ailleurs chargé de cours à la faculté de théologie protestante de Paris. Il a consacré sa thèse à une réflexion sur les relations entre philosophie, science et théologie et cherche à mettre cette dernière en accord avec la pensée contemporaine. En plus de nombreux articles dans Evangile et liberté, il a publié plusieurs livres, Y a-t-il un salut pour les salauds ? en collaboration avec Laurent Gagnebin, André Gounelle et Alain Houziaux, La religion peut-elle rendre heureux et une étude sur Le Notre Père, abrégé de tout l'Evangile.